財政部關務署高雄關違法沒入並銷毀乙億有限公司所有貨櫃物品，致生25,062,365元鉅額國家賠償，疑涉違失，監察院財政及經濟委員會於6日通過並公布調查委員方委員萬富、蔡委員培村及仉委員桂美之調查報告及糾正案，糾正財政部關務署，並函請行政院農業委員會檢討改進。
糾正案文指出，本案法院判決高雄關負國家賠償責任，主要係認為，關稅法第80條及第96條應依具體情況而為適用。海關查獲不得進口之貨物，應衡量主管機關對於各該物品管制之目的、對於社會公益之危害程度及當事人之權益，求得在管制目的與當事人權益之平衡。因此，在不得進口之貨物，對於社會公益之危害程度不大，退運即可達管制之目的者，即應優先適用第96條之規定。反之，即應適用第80條之規定予以沒入。綜上，本案應適用第96條退運之規定，且高雄關於沒入處分前，即執行銷毀，於法即有未合。
有關本案高雄關94年3月間查核發現申報不符之系爭香菇應如何處理乙節，高雄關於94年8月函請關務署轉呈財政部釋示，嗣經財政部函釋後，高雄關即於94年11月以系爭香菇非屬臺灣地區及大陸地區貿易許可辦法第7條規定准許輸入之大陸地區物品，為關稅法第15 條第3款規定不得進口之物品，依行為時有效之關稅法第80條規定應予沒入，簽准沒入系爭香菇。並依行為時走私進口農產品處理辦法規定，將系爭香菇交付農委會委託之屏東縣農會銷毀。之後高雄關再於94年12月7日對於受處分人乙億公司核發沒入處分書。
本案高雄關雖依財政部函示，依行為時有效之關稅法第80條規定簽准沒入系爭香菇。惟依當時有效即94年3 月24日修正施行之關稅法施行細則第59條規定，有關銷毀之執行，應先依關稅法第80條為沒入處分後始為之，若未經沒入處分，應無執行銷毀之依據。又其未依行政程序法第92條第1項、第110條第1項規定對受處分人乙億公司核發沒入處分書並送達相對人，則該「沒入」之行政處分即未生效，且亦未待確定，即逕行移送銷毀，致銷毀失其法令依據，自有違誤。財政部關務署為辦理全國關務業務之主管機關，並分設各關以應轄區業務需要，其未能督導所屬落實依法行政，致生鉅額國家賠償，核有嚴重違失。
又財政部關務署所屬海關現行農產品移送處理之相關實務作業，未確實踐行行政院農業委員會102年4月2日修正之「走私進口農產品處理要點」相關規定，顯有未當，均有嚴重違失。
另有關行政院農業委員會於102年4月2日修訂「走私進口農產品處理要點」，惟農產品移送處理之相關實務作業，未能落實執行該要點相關規定，監察院已函請行政院農業委員會檢討改進。